Müller direcionou críticas específicas ao "Instrumentum Laboris", documento base do Sínodo, apontando que ele negligencia a centralidade da Revelação divina, ao passo que exalta excessivamente tradições religiosas indígenas. Para o Cardeal, isso poderia levar a uma relativização da fé cristã e à diluição de sua identidade. Ele expressou preocupação de que tais abordagens abram espaço para sincretismos que enfraquecem a clareza doutrinária da Igreja.
Além disso, Müller destacou o perigo de reduzir a Igreja a um agente de transformação social, ao invés de mantê-la como um canal de salvação espiritual. Ele alertou contra uma possível politização da Igreja, enfatizando que a missão escatológica de Jesus Cristo deve ser o foco inegociável. O Cardeal também afirmou que a busca por soluções para problemas sociais ou ambientais não deve se sobrepor à pregação do Evangelho, criticando o que ele percebe como uma priorização inadequada dessas pautas no Sínodo.
Müller mencionou que agendas como a do Sínodo poderiam minar a universalidade da Igreja, fragmentando sua unidade ao priorizar abordagens regionais ou culturais que não refletem a tradição católica global. Ele reiterou a necessidade de preservar a integridade da fé diante de tendências que possam enfraquecê-la, em nome de uma modernização mal concebida.
O Cardeal Gerhard Müller fez suas críticas ao Instrumentum Laboris do Sínodo da Amazônia em uma declaração publicada em 16 de julho de 2019. Ele destacou que considerava equivocada a afirmação de que territórios como a Amazônia poderiam ser considerados "fontes particulares de revelação divina". Müller argumentou que, de acordo com a tradição da Igreja, apenas as Escrituras e a Tradição Apostólica são reconhecidas como fontes de revelação. Além disso, criticou a influência de ideologias seculares e a ênfase na "cosmovisão amazônica" no documento, mencionando que elementos como a teologia indígena e a eco-teologia não deveriam substituir os fundamentos sacramentais e teológicos da Igreja: The Catholic Register
O Instrumentum Laboris, documento de trabalho para a Assembleia Especial do Sínodo dos Bispos para a Região Pan-Amazônica, realizada de 6 a 27 de outubro de 2019, está disponível no site oficial do Vaticano: Instrumentum Laboris - Vaticano.